I flera länder är exempelvis transpersoner inte skyddade mot diskriminering i den nationella lagstiftningen. Tillgången till könskorrigerande operationer varierar också.

En ökande andel EU-länder har infört könsneutral äktenskapslagstiftning eller lagar om registrerat partnerskap, men fortfarande finns det länder som inte tillåter äktenskap mellan personer av samma kön. Det medför praktiska och lagmässiga problem för homo- och bisexuella som vill flytta mellan olika medlemsländer.

FRA-rapporten fokuserar på tre generella problem för hbt-personer inom EU – de måste ofta dölja sin sexuella läggning, sin könsidentitet eller sitt könsuttryck, de blir utsatta för hatbrott och de blir diskriminerade exempelvis på jobbet eller av bostadsvärdar.